Genitale wratten zijn ongevaarlijk en hebben geen behandeling nodig. Over het algemeen gaan de wratten vanzelf weg. Als de wratten op een irritante plek zitten dan is het mogelijk om de wratten zelf te behandelen of te laten behandelen door een huisarts. Ook als er gekozen wordt voor zelfbehandeling is het verstandig om een huisarts in te lichten, want de middelen zijn uitsluitend op recept verkrijgbaar. Met de volgende methoden gaan de wratten weg maar het virus niet.
Zelf behandelen
Zelf behandelen kan door de wratten aan te stippen met een crème of vloeistof. In de crème of vloeistof is podofylline verwerkt, wat de groei van huidcellen afremt. Dit is geschikt om zelf te gebruiken voor de behandeling. Het is alleen op recept verkrijgbaar. Het is ook mogelijk om Imiquimod crème te gebruiken.
Behandeling door huisarts
Als men liever hulp heeft van de huisarts dan is dit ook mogelijk. De wratten worden dan aangetipt met trichloorazijnzuur. Andere methodes zijn elektrocoagulatie waarbij de genitale wratten weggebrand worden en cryotherapie waarbij de genitale wratten met vloeibare stikstof bevroren worden. Het is ook mogelijk om de wratten operatief te laten verwijderen of met een CO2-Laser de wratten weg te branden.